1、标识以数字“5”为主体，点明中科院北京分院成立五周年的主题；红色及金色的主体色，寓意着喜庆与吉祥，为北京分院成立五周年渲染喜庆的氛围。

2、标识上半部分的凤凰造型使标识整体更加饱满、飘逸；凤凰乃百鸟之王，是吉祥和才智以及美好的化身，同时寓意北京分院的各项工作蒸蒸日上，为推动我国科学事业的发展做出更大的贡献。

3、标识下半部分，五颗由小及大环绕北京分院LOGO的金星，象征北京分院五年间不断壮大的历程，五个金星逆时针环绕寓意北京分院五年的风雨历程并非一帆风顺，今天成绩的背后是不懈的坚持与奋斗。