1.左侧双螺旋代表遗传学，绿色叶片式螺旋构架寓意植物和农业研究。

2.右侧苯环取自中国科学院院徽的一角，意为研究所是中国科学院成员之一；水晶钻石般的苯环也表现遗传发育所的坚强与团结。苯环内的圆形图案寓意胚胎发育生物学研究。

3.鸽子型总体图案寓意动物和人类研究并象征和平和安祥。仰观群鸽翱翔蓝天，遗传发育所科技事业正在展开双翅、蓬勃向上、融入世界，把潜心科研和协力创新的成果奉献和造福于人类。