标志主体是代表地球的圆形，中间的“IAP”字母组合是中国科学院大气物理研究所的英文缩写（The Institute of Atmospheric Physics, Chinese Academy of Sciences），同时也代表“创新（innovation）、协作（association）、进步（progress）”，喻义深刻。“IAP”字母组合呈三角形的形状，象征了研究所积极向上、开拓创新、不断进步的发展方向。左下方的交叉曲线代表了地球，右下方的曲线代表海洋，与上方的代表云的曲线一起，体现了大气圈、水圈和地表相互作用这一大气科学研究的特点，涵盖了大气科学的研究领域。外圈中文文字和英文字母的结合体现大气所要立足国内、放眼世界。