院徽由反映北京生科院特点的图形、北京生科院英文缩写及北京生科院中文全称构成。

主体图形的三个单元分别代表了北京生科院的“交叉科学研究、相关研究所管理、科研支撑服务”的三大职能与定位。三个单元形成涡旋的形状，象征学科的交叉、融合之意。图形采取红、蓝、绿三色，代表激情洋溢、博大深广与生机勃勃。