标志的主体图形以具有纵深感的方形体和羽翼形笔触构成纳米的英文字头“N”。方形体结构严密而具有动感，象征纳米科学的特性和可变性，同时方形体也象征了公共技术平台的含义；羽翼形笔触冲出方形，预示着纳米科学中心的不断突破与创新；纳米的英文字头“N”准确地传达出机构的属性，并使标志具备了开放性、国际性；色彩中的蓝色寓意高科技，红黄色是国家的代表色，也象征着中心的蓬勃朝气。

标志整体庄重大气、明快醒目，突出了纳米科学中心严谨的科学态度和不断创新的进取精神。