标识的六边形代表研究所属于中科院六个学部之一的生物学部，同时，表示该所的六个主要研究方向。以DNA双螺旋加底座，构成显微镜的图案，体现研究所的基本学科特点，强调微生物学已进入分子水平；图形蒸腾向上之势，显示该所在院的领导下蓬勃发展的趋势。1958为建所时间。